Phẫu thuật chuyển giới khác với phẫu thuật thẩm mỹ cho người chuyển giới. Chỉ khi can thiệp vào bộ phận sinh dục thì mới được coi là phẫu thuật chuyển giới, còn việc người chuyển giới phẫu thuật chỉnh sửa các bộ phận khác như phẫu thuật ngực (cắt hoặc độn vú), chỉnh sửa vai, khuôn mặt... để cho giống với giới tính mới (nhưng lại không chỉnh sửa vào bộ phận sinh dục) thì đó vẫn chỉ được coi là phẫu thuật thẩm mỹ mà thôi.[34].

Theo quy trình ở các quốc gia cho phép phẫu thuật chuyển đổi giới tính, một người trước khi chuyển giới phải trải qua các giai đoạn sau:

• Giai đoạn 1 (trải nghiệm, tư vấn tâm lý, Kiểm tra cuộc sống thực - Real Life Test): Người chuyển giới sẽ phải trải qua 6 tháng tư vấn, kiểm tra và trải nghiệm tâm lý. Họ phải ăn mặc, sinh hoạt như người có giới tính khác, phái suy nghĩ kỹ về mọi khó khăn có thể sẽ gặp (mất gia đình, mất bạn bè, mất việc và bị các tác dụng phụ của việc tiêm hormone giới tính). Khoảng 40% bệnh nhân bỏ cuộc trong giai đoạn này.
• Giai đoạn 2 (điều trị bằng nội tiết tố): Người chuyển giới sử dụng hormone giới tính nhân tạo (tiêm hoặc uống) liên tục trong khoảng 2 năm. Hormone giới tính nhân tạo giúp cơ thể họ thay đổi: người nữ mọc lông và râu, ngực thu nhỏ, giọng nói trầm hơn... người nam thì rụng râu và tiêu giảm cơ bắp, ngực phát triển, kích thước tinh hoàn giảm... Trong giai đoạn này, nếu người chuyển giới cảm thấy hối hận hoặc thất vọng, không muốn chuyển giới nữa thì vẫn kịp để họ thay đổi ý định. Họ chỉ cần ngừng sử dụng hormone giới tính nhân tạo thì sau mấy tháng, các đặc điểm giới tính của họ sẽ trở về như ban đầu, giống như chưa có gì xảy ra.
• Giai đoạn 3 (phẫu thuật tạo hình chuyển giới): sau 2 năm điều trị bằng nội tiết tố, khi các thay đổi về tâm sinh lý của người chuyển giới đã tới giới hạn, một Hội đồng y khoa với các chuyên viên nội tiết, tâm lý, phẫu thuật sẽ nghiên cứu kỹ lưỡng từng hồ sơ để xem bệnh nhân nào đủ điều kiện được phẫu thuật cắt bỏ bộ sinh dục cũ và tạo hình bộ sinh dục mới.

Sau khi phẫu thuật cắt bỏ bộ sinh dục cũ và tạo bộ sinh dục mới, người chuyển giới vẫn sẽ phải duy trì sử dụng Hormone giới tính cả đời, bởi các bộ phận sinh dục mới thực chất chỉ là các thiết bị mô phỏng hình dáng, chứ không có chức năng sinh dục như các bộ phận nguyên bản. Ngoài ra, những người đã chuyển giới phải thường xuyên được điều trị tâm lý do họ thường thất vọng với cơ thể mới, nên có tỷ lệ trầm cảm, tự sát rất cao.